1) JAVA - ООП идеалогия, в PHP как правило псевдо ООП
2) JAVA - программирование построено на обработке исключений, в РНР этот аппарат не доработан и как правило не используется
3) пакетная идеалогия JAVA ....
4) JSP - в PHP есть аналог использования шаблонов (FastTemplate, smarty), за исключением обработки пользовательского тега, на чем и основанно JSP, в чем ее красота и преимущество
5) и еще надо знать кучу стандартных классов и их методов, которых нет в PHP
6) если можно сделать на PHP, то зачем использовать JAVA???
из PHP всегда можно вызвать необходимый JAVA класс