я лично юзаю Zend и не парюсь

но можно код загнать в base64 например...
1 сп:
encrypter.php?f=file.php:
PHP:
$data = "eval(base64_decode(\"".base64_encode(join("",file($f)))."\"))\;";
$fp = fopen($f,"w");
fwrite($fp,$data);
fclose($fp);
это шифровщик, т.е указываешь имя файла для "шифрования" и он его шифрует, выводя результат в тот же файл.
не надо открывать и закрывать теги php (<?,?>,<?php) в коде для шифрования.
+ не надо никаких библеотек
- человек чуть-чуть знающий php легко это вскроет
- снижает быстродейсвие (операция занимает 0.001 на 10кбайт).
- нельзя пихать html (т.е без echo)
P.S в коде мог допустить parse-error...
второй способ пока не придумал

\