Для таблицы MERGE не могут поддерживаться ограничения UNIQUE по всей таблице. При выполнении команды INSERT данные помещаются в первую или последнюю таблицу (в соответствии с INSERT_METHOD=xxx) и для этой таблицы MyISAM обеспечивается однозначность данных, но ей ничего не известно об остальных таблицах MyISAM.

Команда DELETE FROM merge_table без оператора WHERE очищает только распределение для таблицы, ничего не удаляя из преобразованных таблиц.

Использование команды RENAME TABLE над активной таблицей MERGE может привести к повреждению таблицы. Эта ошибка будет исправлена в MySQL 4.0.x.

При создании таблицы типа MERGE не проверяется совместимость типов базовых таблиц. Создав таблицу MERGE на основе несовместимых типов, вы можете столкнуться с непредсказуемыми проблемами.

Если для первого добавления индекса UNIQUE в таблицу, преобразованную в MERGE, используется команда ALTER TABLE, а затем командой ALTER TABLE в таблицу MERGE добавляется нормальный индекс, порядок ключей для таблиц будет разным, если в таблице был старый не однозначный ключ. Это происходит потому, что команда ALTER TABLE помещает ключи UNIQUE перед нормальными ключами, чтобы как можно раньше обнаружить дублирующиеся ключи.

Оптимизатор диапазона пока не может эффективно использовать таблицу MERGE, в связи с чем иногда возникают неоптимальные соединения. Это будет исправлено в MySQL 4.0.x.