Чтобы удалить все строки в таблице, нужно использовать команду TRUNCATE TABLE table_name. See Раздел 6.4.7, «Синтаксис оператора TRUNCATE».

Время, необходимое для удаления записи, прямо пропорционально числу индексов. Чтобы записи удалялись быстрее, можно увеличить размер индексного кэша. See Раздел 5.5.2, «Настройка параметров сервера».